Из специальных войск самую ответственную роль сыграли инженерные войска. Из тактического средства они превратились в войска оперативно-стратегического значения, обеспечивавшие создание прочной обороны, прорыв оборонительных полос противника, форсирование водных прегради оперативный маневр войск. Разнообразие задач, решаемых инженерными войсками в годы войны, обусловило необходимость непрерывного повышения их боевых возможностей. Это потребовало улучшения организационной структуры и усиления их технической оснащенности. В 1941—1942 гг. в составе Вооруженных Сил были созданы 10 саперных армий, в задачу которых входила подготовка тыловых оборонительных рубежей государственного значения на западном и юго-западном направлениях. Однако с переходом советских войск к наступательным действиям необходимость в таких армиях отпала, и они были расформированы. Часть их соединений была передана в распоряжение фронтов, а часть — переформирована в соединения инженерных войск резерва Ставки ВГК. Основу организационной структуры инженерных войск с 1943 г. стали составлять отдельные бригады (инженерно-саперные, инженерно-минные, понтонно-мостовые), а также инженерно-танковые и моторизованные понтонно-мостовые полки. Создавались такие качественно новые соединения, как штурмовые инженерно-саперные и моторизованные инженерно-штурмовые бригады резерва Ставки, предназначенные для решения самых разнообразных задач по инженерному обеспечению прорыва сильноукрепленных оборонительных рубежей и районов противника. В их состав, кроме саперных батальонов входили части и подразделения подрыва ДЗОТов, разведки, ранцевых огнеметов, танков с минными тралами, огнеметных танков и легкого переправочного парка.
Всего к концу 1943 г. в составе инженерных войск насчитывалось 58 бригад, 9 полков, более 1 тыс. батальонов различного предназначения, что позволяло улучшить инженерное обеспечение сухопутных войск во всех видах боевых действий. В последующем развитие инженерных войск шло в направлении усиления общевойсковых объединений инженерными частями и подразделениями. В ходе войны по количеству батальонов они выросли почти в 5 раз, причем отчетливо проявилась тенденция повышения роли инженерных частей и соединений резерва ВГК, составлявших к концу войны около 25% всех инженерных войск.
В целях совершенствования управления войсками с самого начала войны обращалось особое внимание на развитие войск связи. Их численный состав за время войны увеличился более чем в 4 раза. Все соединения и части связи оснащались новой техникой, получали в свое распоряжение более совершенную телефонную и телеграфную аппаратуру, новые радиостанции и другие средства. Одновременно осуществлялась их организационная перестройка. В первую очередь она коснулась войск связи высшего звена. Дело в том, что уже первые дни войны вскрыли крупные недостатки в обеспечении связи между Ставкой ГК, Генеральным штабом и фронтами. Серьезные трудности возникли также в организации связи в оперативном звене управления, особенно после ликвидации корпусного звена. Вот почему потребовалось сформировать большое количество новых частей и подразделений связи фронтового и армейского подчинения. До конца 1941 г. в действующей армии дополнительно было развернуто более 1 тыс. линейных, кабельношестовых, ремонтно-восстановительных и иных частей. Общее количество полков связи к концу следующего года увеличилось почти в 4 раза, батальонов связи — в 5 раз, радиодивизионов — более чем в 2 раза.

Основными функциональными обязанностями Полевого штаба являлись: планирование и обеспечение руководства стратегическими операциями; разработка директив и оперативных заданий фронтам, периодических докладов о стратегическом положении на фронтах; оценка сил и средств противника; подготовка всех родов войск и служб и их инспектирование; организация и осуществление стратегических перегруппировок войск; военно-историческое описание боев и операций; переписка с народным комиссариатом иностранных дел по дипломатическим вопросам, требующим специального с военной точки зрения заключения и др.
Руководство Военно-воздушными силами вместо Главвоздухофлота с сентября 1919 г. стало осуществлять Полевое управление авиации и воздухоплавания действующей армии (АВИАДАРМ). Еще в июне 1918 г. было создано Главное военно-инженерное управление (ГВИУ), 30 августа — Центральное броневое управление (подчинялось ГВИУ), преобразованное 31 января 1919 г. в Главное броневое управ-ление. В октябре 1918 г. была введена должность командующего морскими силами Республики (Коморси). Правда, уже в декабре коллегия наркомата по морским делам была упразднена и создан Морской отдел РВСР, а Коморси включен в состав Рев-военсовета Республики. Во второй половине того же года подверглась реорганизации и система партийно-политического аппарата. 2 октября политическое отделение наркомвоена было переименовано в политический отдел РВСР, а 9 октября Всероссийское бюро военных комиссаров подчинено Реввоенсовету Республики. 13 ноября политотдел РВСР был слит с Всебюровоенкомом, которое стало единым центральным политическим органом Вооруженных сил Республики.
В 1919—1920 гг. совершенствование органов стратегического руководства осуществлялось на основе решений VIII съезда РКП(б), состоявшегося в марте 1919 г. Съезд потребовал реорганизовать Полевой штаб РВСР, урегулировать работу Рев-военсовета Республики и Всероссийского главного штаба. В соответствии с решением съезда штатный состав РВСР был сокращен до 6 человек, что позволило повысить оперативность в его работе. Регистрационное (разведывательное) управление и Центральное управление военных сообщений (ЦУПВОСО) подчинялись теперь непосредственно Реввоенсовету Республики. В сентябре Высшая военная инспекция была расформирована, ее заменили военная и морская инспекции при РВСР. При Полевом штабе еще в апреле были учреждены секретариат РВСР и инспекция кавалерии, в октябре — Управление связи Красной Армии, 17 марта 1920 г. — инспекция броневых частей. Полевое управление авиации и воздухоплавания 25 марта 1920 г. преобразуется в Штаб воздушного флота, морская авиация объединяется с сухопутной и создается Управление снабжения воздушного флота. В июне 1919 г. Морской отдел РВСР был ликвидирован и воссоздан наркомат по морским делам. На базе Морского генерального штаба 3 июля образуется Штаб командующего морскими силами Республики, переименованный 3 июля 1920 г. в Штаб всех морских сил РСФСР.
Значительное изменение претерпела и структура партийно-политического аппарата армии и флота. 18 апреля 1919 г. упраздняется Всебюровоенком и вновь создается Политический отдел, преобразованный 26 мая в Политическое управление РВСР на правах военного отдела ЦК РКП(б). На Политуправление возлагалось ведение всей партийной, политической и культурно-просветительной работы в армии и на флоте.

В Реввоенсовете Республики под председательством Троцкого были сосредоточены оперативные и административные функции по управлению Вооруженными Силами. Однако в его компетенцию не входили вопросы транспорта, военной промышленности, снабжения войск продовольствием. Приказы РВСР не имели обязательной силы для Высшего совета народного хозяйства, народного комиссариата продовольствия, других наркоматов и ведомств, несмотря на то, что по положению ВЦИК от 30 сентября все советские учреждения были обязаны в первую очередь рассматривать и удовлетворять требования РВСР. В целях обеспечения централизации руководства Вооруженными Силами в составе Реввоенсовета было создано Бюро, включавшее председателя РВСР, Главкома и одного члена РВСР.
В состав Реввоенсовета Республики, кроме политических комиссаров, входил и Главнокомандующий всеми Вооруженными силами Республики. Положение о Глав-коме было объявлено постановлением СНК РСФСР от 5 декабря 1918 г. В постановлении указывалось, что Главком «есть боевой начальник всех сухопутных и морских вооруженных сил Республики, входящих в состав действующей армии». Все остальные части и крепости подчинялись ему в оперативном отношении. Главком получал директивы от ЦК РКП(б), Совнаркома или Совета обороны через председателя Реввоенсовета Республики и пользовался полной самостоятельностью во всех вопросах оперативно-стратегического характера. Однако опыт войны показал, что Главком (вначале бывший полковник Вацетис, а с июля 1919 г. — полковник Каменев) получал директивы и указания не только через председателя РВСР, но в некоторых случаях непосредственно от ЦК партии и Ленина как председателя Совнаркома и Совета обороны. В результате повышалась оперативность в работе Главного командования Красной Армии, так как своевременно обеспечивалось принятие мер по улучшению руководства фронтами и отдельными армиями.
Разработанные положения о Реввоенсовете и Главнокомандующем всеми Вооруженными Силами Республики определили принципы управления войсками в условиях, когда высшие командные должности занимали беспартийные военные специалисты. Вся полнота военной власти принадлежала коллективному органу — Реввоенсовету Республики, причем без подписи одного из его членов директивы и приказы Главкома считались недействительными. Наиболее важные решения РВСР и Главного командования обретали силу только после утверждения их ЦК партии. Реввоенсовету Республики отныне подчинялись Всероссийский главный штаб, Полевой штаб РВСР, Всероссийское бюро военных комиссаров, Центральное (с 1919 г. — Главное) управление снабжений, Военно-законодательный совет, Высшая военная инспекция и другие центральные органы военного управления.
Оперативным рабочим органом Реввоенсовета Республики и Главкома являлся Штаб РВСР, переименованный 2 октября в Полевой штаб РВСР (начальники: капитан П. М. Майгур, генералы Н. И. Раттэль, Ф. В. Костяев, М. Д. Бонч-Бруевич, П. П. Лебедев). Начальник Полевого штаба был единственным человеком, кто докладывал РВСР и Главкому по всем делам оперативного управления и состояния армии. Помощник начальника Полевого штаба занимался вопросами тылового обеспечения и инспектирования войск, что давало возможность начальнику Полевого штаба сосредоточиться на чисто оперативно-стратегических вопросах и направлять деятельность подчиненных ему органов.

Высший военный совет являлся коллегиальным органом. Первоначально при нем не было штаба, а потому все оперативные вопросы находились в ведении генерал-квартирмейстера и нескольких его помощников по оперативной части. 14 мая 1918 г. создаются оперативное и организационное управления, а 20 июня — штаб Высшего военного совета.
Одновременно продолжалась работа по упорядочению структуры других органов высшего военного управления. 8 мая 1918 г. наркомвоен издал приказ о создании Всероссийского главного штаба (Всероглавштаб) вместо существовавших до того Всероссийской коллегии по формированию РККА, Главного управления Генерального штаба, Главного штаба, Главного комиссариата военно-учебных заведений и Управления по ремонтированию (закупке и распределению конного состава) армии. Он стал высшим органом по руководству учетом и мобилизацией военнообязанных, формированию, устройству и обучению войск. На него возлагалась также разработка штатов, уставов, наставлений, инструкций и положений для войск; ему же подчинялись внутренние военные округа и все местные военные органы. Всероглавштаб возглавлял Совет в составе двух военных комиссаров и начальника штаба. По решению коллегии наркомвоена оперативный отдел Московского окружного комиссариата по военным делам был 12 мая передан в ведение Наркомата по военным делам. Он стал называться оперативным отделом наркомвоена. Одновременно на базе Всероссийской коллегии по управлению воздушным флотом было образовано Главное управление Рабоче-Крестьянского Красного Военного воздушного флота (Главвоздухофлот)
После проведенной реорганизации оперативными вопросами занимались штаб ВВС, оперативные отделы наркомвоена и Всероглавштаба. Так как между ними не было тесного контакта, они чаще всего дублировали друг друга, что сказывалось на эффективности управления войсками. Это не осталось без внимания со стороны ряда высших должностных лиц. Так, А. И. Егоров, председатель Высшей аттестационной комиссии, а в недавнем прошлом полковник, 20 августа 1918 г. направил специальный доклад Ленину, где выразил свою обеспокоенность происходящим: «Обозрение всех операций, ведущихся на различных фронтах, указывает, что в них нет определенной единой мысли и воли». Свой вывод Егоров подкрепил сообщением, что у высших военных органов отсутствуют планы войны, новых формирований и операций на фронтах. С целью «объединения военной мысли, руководящей всеми операциями на всех фронтах», он предлагал назначить ответственного перед Совнаркомом Верховного главнокомандующего, а при нем сформировать соответствующий штаб.
Проект Егорова получил одобрение со стороны руководителей наркомвоена. 2 сентября 1918 г. ВЦИК принял постановление о превращении Советской республики в военный лагерь и образовании Революционного военного совета Республики (РВСР) с одним Главнокомандующим, а 30 сентября утвердил положение об РВСР85. В соответствии с этим положением РВСР превращался в орган высшей военной власти в стране, которому передавались все права коллегии наркомвоена и упраздненного Высшего военного совета. Деятельность РВСР направлялась и контролировалась ЦК РКП(б). Установление основ организации Вооруженных Сил РСФСР по Конституции принадлежало Всероссийскому съезду Советов и Всероссийскому Центральному исполнительному комитету, а общее управление Вооруженными Силами — Совету народных комиссаров.

Органы стратегического руководства вооруженными силами и характер их деятельности.
В процессе создания и развития органов стратегического руководства обе стороны использовали все самое ценное из прошлого опыта. В то же время созданная в годы гражданской войны система органов руководства вооруженной борьбой имела существенные отличия. Особенно это касается Советской России, где все проблемы военной политики и экономики, строительства Вооруженных Сил решались под непосредственным руководством ЦК РКП(б) и его Политбюро. Такой подход обусловлен тем, что партия большевиков являлась правящей политической партией, и потому ее центральные органы постоянно держали под своим неослабным контролем все стороны жизни страны. На пленумах ЦК РКП(б) и заседаниях его Политбюро иногда рассматривались и вопросы, связанные с подготовкой разгрома белых армий, в том числе адмирала Колчака (пленумы ЦК от 13 апреля и 4 мая, заседание Политбюро от 23 апреля 1919 г.), генерала Деникина (решения июльского и сентябрьского пленумов ЦК, Политбюро от 15 октября и 14 ноября 1919 г.) и др. В соответствии с принятыми решениями Главное командование Красной Армии и Полевой штаб Реввоенсовета Республики разрабатывали оперативные директивы, ставили задачи фронтам, армиям, флоту (флотилиям) для достижения тех целей, которые выдвигало политическое руководство.
Центральный Комитет партии большевиков принимал меры к обеспечению строго централизованного руководства военными действиями Красной Армии на многочисленных фронтах. Через ВЦИК, Совнарком, Совет обороны, а также через членов партии коммунистов в армии и на флоте ЦК РКП(б) направлял и контролировал деятельность Реввоенсовета Республики, Главного командования, Политического управления РВСР и других органов высшего военного командования. Члены ЦК РКП(б) входили в состав Реввоенсовета Республики, реввоенсоветов фронтов и армий, государственных органов, ведавших мобилизацией людских резервов и материальных ресурсов, выезжали на фронты и в тыл в качестве уполномоченных ЦК для выполнения важных военных заданий. Кроме того, Центральный Комитет непосредственно занимался переводом партийных кадров на военную работу и их распределением.
В период между съездами партии и пленумами конкретизация основных директив ЦК РКП(б) и разработка вытекающих из них указаний органам стратегического руководства по военным вопросам осуществлялись Политбюро. Решения, директивы, указания Политбюро формулировали, как правило, В. И. Ленин и Л. Д. Троцкий (Бронштейн) и уже от имени Политбюро они направляли их Реввоенсовету Республики и на фронты за своей подписью или подписью трех-четырех членов Политбюро.

Формирование новой армии было возложено на Всероссийскую коллегию при народном комиссариате по военным делам, созданную 15(28) января того же года. Основным источником создания и обучения резервов для фронта стал 1-й корпус РККА, который был сформирован в конце января в Петрограде. Уже к 20 апреля Красная Армия насчитывала 195,9 тыс. человек. Они то и составили ее ядро. Однако приток добровольцев отставал от реальных потребностей государства и условий складывавшейся обстановки. Широкие массы слишком устали от первой мировой войны, а потому с неохотой вступали в ряды вооруженных сил. Кроме того, добровольческий принцип затруднял планомерную подготовку пополнений и не позволял создавать необходимые резервы. Вот почему он просуществовал только до лета 1918 г.
Еще более серьезные трудности возникли с укомплектованием Красной Армии квалифицированными кадрами оперативно-стратегического звена. В таких условиях большевистское руководство было вынуждено принять решение о привлечении на военную службу офицеров и генералов российской армии. 27 декабря 1917 г. (9 января 1918 г.) наркомвоен издал приказ, согласно которому офицеры штабов, управлений и заведений военного ведомства увольнялись из армии лишь в том случае, если занимаемые ими должности можно было без ущерба заменить соответственно подготовленными лицами. 10 июля 1918 г. была объявлена мобилизация бывших офицеров. В результате, к середине января следующего года удельный вес военных спецов, как их тогда называли, составил в Красной Армии более 75% от общего числа командных кадров. Из 250 тыс. офицеров и генералов старой русской армии в Красной Армии служили 75 тыс. человек. С целью контроля за деятельностью военных специалистов и осуществления политического руководства в армии и на флоте в марте 1918 г. вводится институт военных комиссаров, а в апреле создается Всероссийское бюро военных комиссаров — Всебюровоенком. В последующем на них было возложено также руководство партийно-политической работой в армии и на флоте. Одновременно создаются политические органы — политотделы и политуправления, наделенные как партийными, так и политико-административными функциями. Следует отметить, что в становлении и развитии Красной Армии они сыграли довольно противоречивую роль.
Трудно не согласиться с М. В. Фрунзе, который писал: «Кто вносил элементы порядка и дисциплины в ряды создавшихся под гром пушечных выстрелов наших молодых красных полков? Кто в часы неудач и поражений поддерживал мужество и бодрость бойцов и вливал новую энергию в их пошатнувшиеся ряды? Кто налаживал тыл армии, насаждал там Советскую власть и создавал советский порядок, обеспечивая этим быстрое и успешное продвижение наших армий вперед? Кто своей настойчивой и упорной работой разлагал ряды врага, расстраивал его тыл и тем подготовлял грядущие успехи? Это делали политические органы армии, и делали, на-до сказать, блестяще. Их заслуги в прошлом — безмерны»