Важным шагом на пути совершенствования структуры стратегического руководства явилось создание фронтовых и армейских объединений. В соответствии с приказом наркомвоена от 31 мая 1918 г. был образован Чехословацкий, а 14 июня — Северо-Урало-Сибирский фронты. Одновременно все отдельные отряды, части и соединения сводятся в армии. Вскоре войска Чехословацкого и Северо-Урало-Сибирского фронтов были объединены и подчинены реввоенсовету Восточного фронта. Однако свой официальный статус он получил только 11 сентября 1918 г., когда Реввоенсовет Республики издал приказ об образовании Северного, Восточного и Южного фронтов. СНК РСФСР 5 декабря утвердил положения о командующем армиями фронта и командующем армией, входящей в состав фронта. Согласно этим положениям фронты и армии теперь возглавляли революционные военные советы, являвшиеся не только органами военного управления, но и политического руководства войсками. В соответствии с этими документами Полевой штаб РВСР разработал «Положение о полевом управлении войсками в военное время», утвержденное 26 декабря 1918 г. Реввоенсоветом Республики.
С образованием стратегических объединений руководство вооруженной борьбой стало осуществляться в звене Главком—фронт или отдельная армия. Свою эффективность и жизненность оно доказало на протяжении всей войны. В некоторых случаях на отдельном стратегическом направлении создавался и промежуточный орган стратегического руководства, например помощник Главкома по Сибири. Этот орган был учрежден 24 апреля 1920 г. Реввоенсоветом Республики, а 26 сентября было утверждено положение о нем. Назначение помощника Главкома по Сибири обусловливалось необходимостью приблизить руководство к войскам и партизанско-повстанческим формированиями в Сибири, повысить устойчивость и оперативность управления ими, координировать деятельность всех управлений, учреждений, заведений и войсковых частей Сибири. Помощник Главкома подчинялся непосредственно РВСР, а в оперативном отношении — Главнокомандующему всеми вооруженными силами Республики. Помощник Главкома по Сибири управлял войсками Восточно-Сибирского военного округа, 5-й отдельной армии и укрепленными районами в Сибири.
В ходе гражданской войны свое развитие получила и система органов руководства вооруженной борьбой в лагере противников Советской России. В основном она базировалась на опыте первой мировой войны, но видоизменялась с учетом особенностей гражданской войны.
Разработка проблем стратегии, направленной странами Антанты на достижение своих военно-политических целей, и руководство вооруженной борьбой против Советской республики осуществлялись различными органами. Наиболее важные вопросы, касающиеся военной интервенции в России, решались на конференциях глав правительств стран Антанты с участием министров иностранных дел. Так, 15 марта 1918 г. в Лондоне состоялась встреча премьер-министров и министров иностранных дел Великобритании, Франции и Италии, где было принято окончательное решение о вооруженной интервенции в Сибири и на Севере Советской России.
В системе стратегического руководства большое место занимала переписка между главами правительств, министрами иностранных дел, в том числе и с лидерами белого движения адмиралом Колчаком, генералами Деникиным, Врангелем и др., с целью координации усилий на различных театрах военных действий. Например, 16 марта 1918 г. министр иностранных дел Великобритании А. Бальфур сообщил правительству США решение конференции глав правительств Великобритании, Франции и Италии о возможности использования Японии для интервенции в Сибири.

Основными функциональными обязанностями Полевого штаба являлись: планирование и обеспечение руководства стратегическими операциями; разработка директив и оперативных заданий фронтам, периодических докладов о стратегическом положении на фронтах; оценка сил и средств противника; подготовка всех родов войск и служб и их инспектирование; организация и осуществление стратегических перегруппировок войск; военно-историческое описание боев и операций; переписка с народным комиссариатом иностранных дел по дипломатическим вопросам, требующим специального с военной точки зрения заключения и др.
Руководство Военно-воздушными силами вместо Главвоздухофлота с сентября 1919 г. стало осуществлять Полевое управление авиации и воздухоплавания действующей армии (АВИАДАРМ). Еще в июне 1918 г. было создано Главное военно-инженерное управление (ГВИУ), 30 августа — Центральное броневое управление (подчинялось ГВИУ), преобразованное 31 января 1919 г. в Главное броневое управ-ление. В октябре 1918 г. была введена должность командующего морскими силами Республики (Коморси). Правда, уже в декабре коллегия наркомата по морским делам была упразднена и создан Морской отдел РВСР, а Коморси включен в состав Рев-военсовета Республики. Во второй половине того же года подверглась реорганизации и система партийно-политического аппарата. 2 октября политическое отделение наркомвоена было переименовано в политический отдел РВСР, а 9 октября Всероссийское бюро военных комиссаров подчинено Реввоенсовету Республики. 13 ноября политотдел РВСР был слит с Всебюровоенкомом, которое стало единым центральным политическим органом Вооруженных сил Республики.
В 1919—1920 гг. совершенствование органов стратегического руководства осуществлялось на основе решений VIII съезда РКП(б), состоявшегося в марте 1919 г. Съезд потребовал реорганизовать Полевой штаб РВСР, урегулировать работу Рев-военсовета Республики и Всероссийского главного штаба. В соответствии с решением съезда штатный состав РВСР был сокращен до 6 человек, что позволило повысить оперативность в его работе. Регистрационное (разведывательное) управление и Центральное управление военных сообщений (ЦУПВОСО) подчинялись теперь непосредственно Реввоенсовету Республики. В сентябре Высшая военная инспекция была расформирована, ее заменили военная и морская инспекции при РВСР. При Полевом штабе еще в апреле были учреждены секретариат РВСР и инспекция кавалерии, в октябре — Управление связи Красной Армии, 17 марта 1920 г. — инспекция броневых частей. Полевое управление авиации и воздухоплавания 25 марта 1920 г. преобразуется в Штаб воздушного флота, морская авиация объединяется с сухопутной и создается Управление снабжения воздушного флота. В июне 1919 г. Морской отдел РВСР был ликвидирован и воссоздан наркомат по морским делам. На базе Морского генерального штаба 3 июля образуется Штаб командующего морскими силами Республики, переименованный 3 июля 1920 г. в Штаб всех морских сил РСФСР.
Значительное изменение претерпела и структура партийно-политического аппарата армии и флота. 18 апреля 1919 г. упраздняется Всебюровоенком и вновь создается Политический отдел, преобразованный 26 мая в Политическое управление РВСР на правах военного отдела ЦК РКП(б). На Политуправление возлагалось ведение всей партийной, политической и культурно-просветительной работы в армии и на флоте.

В Реввоенсовете Республики под председательством Троцкого были сосредоточены оперативные и административные функции по управлению Вооруженными Силами. Однако в его компетенцию не входили вопросы транспорта, военной промышленности, снабжения войск продовольствием. Приказы РВСР не имели обязательной силы для Высшего совета народного хозяйства, народного комиссариата продовольствия, других наркоматов и ведомств, несмотря на то, что по положению ВЦИК от 30 сентября все советские учреждения были обязаны в первую очередь рассматривать и удовлетворять требования РВСР. В целях обеспечения централизации руководства Вооруженными Силами в составе Реввоенсовета было создано Бюро, включавшее председателя РВСР, Главкома и одного члена РВСР.
В состав Реввоенсовета Республики, кроме политических комиссаров, входил и Главнокомандующий всеми Вооруженными силами Республики. Положение о Глав-коме было объявлено постановлением СНК РСФСР от 5 декабря 1918 г. В постановлении указывалось, что Главком «есть боевой начальник всех сухопутных и морских вооруженных сил Республики, входящих в состав действующей армии». Все остальные части и крепости подчинялись ему в оперативном отношении. Главком получал директивы от ЦК РКП(б), Совнаркома или Совета обороны через председателя Реввоенсовета Республики и пользовался полной самостоятельностью во всех вопросах оперативно-стратегического характера. Однако опыт войны показал, что Главком (вначале бывший полковник Вацетис, а с июля 1919 г. — полковник Каменев) получал директивы и указания не только через председателя РВСР, но в некоторых случаях непосредственно от ЦК партии и Ленина как председателя Совнаркома и Совета обороны. В результате повышалась оперативность в работе Главного командования Красной Армии, так как своевременно обеспечивалось принятие мер по улучшению руководства фронтами и отдельными армиями.
Разработанные положения о Реввоенсовете и Главнокомандующем всеми Вооруженными Силами Республики определили принципы управления войсками в условиях, когда высшие командные должности занимали беспартийные военные специалисты. Вся полнота военной власти принадлежала коллективному органу — Реввоенсовету Республики, причем без подписи одного из его членов директивы и приказы Главкома считались недействительными. Наиболее важные решения РВСР и Главного командования обретали силу только после утверждения их ЦК партии. Реввоенсовету Республики отныне подчинялись Всероссийский главный штаб, Полевой штаб РВСР, Всероссийское бюро военных комиссаров, Центральное (с 1919 г. — Главное) управление снабжений, Военно-законодательный совет, Высшая военная инспекция и другие центральные органы военного управления.
Оперативным рабочим органом Реввоенсовета Республики и Главкома являлся Штаб РВСР, переименованный 2 октября в Полевой штаб РВСР (начальники: капитан П. М. Майгур, генералы Н. И. Раттэль, Ф. В. Костяев, М. Д. Бонч-Бруевич, П. П. Лебедев). Начальник Полевого штаба был единственным человеком, кто докладывал РВСР и Главкому по всем делам оперативного управления и состояния армии. Помощник начальника Полевого штаба занимался вопросами тылового обеспечения и инспектирования войск, что давало возможность начальнику Полевого штаба сосредоточиться на чисто оперативно-стратегических вопросах и направлять деятельность подчиненных ему органов.

Возглавляемый Лениным Совнарком РСФСР в соответствии с декретом о создании Красной Армии от 15(28) января 1918 г. являлся «верховным руководящим органом» РККА73. Непосредственное руководство и управление армией осуществлял Народный комиссариат по военным делам через Всероссийскую коллегию. Одновременно Совнарком занимался решением задач по организации материально-технического обеспечения Вооруженных Сил. С целью введения военного режима в военной промышленности, продовольственном и транспортном деле ВЦИК 30 ноября 1918 г. учредил Совет Рабочей и Крестьянской Обороны. В его состав вошли
Ленин (председатель), представители Реввоенсовета Республики, ВЦИК, наркоматов путей сообщения, продовольствия и др. В ходе войны Совет Обороны, наделенный военно-экономическими функциями, в зависимости от обстановки в стране и на фронтах решал и иные задачи. На его заседаниях периодически заслушивались доклады Главкома о стратегическом положении республики, характере предстоящих операций, состоянии стратегических резервов и снабжения армии, мерах по укреплению фронтов и др.
Непосредственное руководство вооруженной борьбой осуществляли специально созданные органы, которые прошли сложный и противоречивый путь развития. В первые недели после прихода большевиков к власти управление войсками, находившимися на фронтах, осуществлял Верховный главнокомандующий всеми сухопутными и морскими силами Российской республики генерал Н. Н. Духонин через штаб Ставки Верховного главнокомандования, возглавляемый генералом М. Д. Бонч-Бруевичем.
26 октября (8 ноября) 1917 г. декретом II Всероссийского съезда Советов был образован Комитет по делам военным и морским, преобразованный 3(16) ноября в Совет народных комиссаров по военным и морским делам. На Совет возлагались задачи по демократизации старого военного аппарата, контролю за военным министерством и его слому, демобилизации старой армии. В состав Совета вошли подпоручик В. А. Антонов-Овсеенко, матрос П. Е. Дыбенко, прапорщик Н. В. Крыленко, представители Военной организации при ЦК партии, Петроградского Военно-революционного комитета. В последующем структура и функции Совета были уточнены. 9(22) ноября Крыленко был назначен Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими силами Российской республики. 14(27) ноября Дыбенко возглавил Верховную морскую коллегию, а 21 ноября (4 декабря) был назначен Народным комиссаром по морским делам. Непосредственное руководство наркоматом по военным делам осуществлял Н. И. Подвойский, назначенный 11(24) ноября заместителем наркома по военным делам.
Наряду с вышеперечисленными структурами создавались и другие органы высшего военного руководства. Так, 26 октября (8 ноября) был образован Военно-морской революционный комитет, 10(23) ноября — Бюро комиссаров авиационных и воздухоплавательных частей Петроградского гарнизона, 20 декабря 1917 г. (2 января 1918 г.) — Всероссийская коллегия по управлению воздушным флотом. При Ставке Верховного главнокомандующего 9(22) ноября 1917 г. были созданы Временный военно-революционный комитет (ВРК), а на следующий день — Революционный полевой штаб по борьбе с контрреволюцией, действовавший параллельно с реорганизованным штабом Верховного главнокомандующего. В декабре 1917 г. Временный ВРК при Ставке преобразован в Центральный комитет действующих армий и флота (Цекодарф), который решал задачи по руководству жизнью и деятельностью армий и флота и по их снабжению. Функции руководства революционными силами в различных регионах страны выполняли чрезвычайные комиссары. В декабре 1917 г. учреждается должность Главнокомандующего советскими войсками по борьбе с контрреволюцией на Юге России. В январе 1918 г. руководство оперативной деятельностью флота было возложено на Морской генеральный штаб.

В неменьшей мере на военную стратегию оказывал влияние национальный вопрос, который в России ввиду ее многонационального состава всегда стоял очень остро. Большевики подходили к нему более осмотрительно и дальновидно, во всяком случае в пропаганде, в то время как белогвардейские лидеры, безоглядно продолжали прежний великодержавный курс.
Правда и то, что в гражданской войне влияние политики на расстановку сил сказывалось далеко неоднозначно. На разных ее этапах позитивные и негативные стороны проявлялись в необычном сочетании. Так, провозглашение партией большевиков права наций на самоопределение по-разному было использовано различными политическими партиями и националистическими группировками для создания суверенных национально-территориальных образований. Первоначально, к концу 1918г., возникло 10 советских республик и коммун, 16 республик и правительств, созданных на территориях, не подвластных большевикам, причем позиции этих образований в зависимости от прихода к власти тех или иных сил неоднократно менялись. В свою очередь это приводило к серьезным сдвигам в военно-политической и стратегической обстановке, тем более, что каждая республика, создавая собственную армию, занимала либо нейтральную позицию, либо принимала участие в войне на той или иной стороне. В таких условиях от органов политического и военного руководства противоборствующих сторон требовался очень строгий учет национальных моментов. Эффективность разрабатываемых планов операций и боевых действий находилась в прямой зависимости от верного прогноза позиций различных национальных образований и групп, возможного их участия в войне в качестве или вероятных противников, или союзников. Большие сложности возникали в связи с недостаточной определенностью вероятного развития событий, а следовательно, и предполагаемой расстановки сил. Хотя реальный состав регулярных войск сторон и поддавался приблизительному учету, трудно было заранее со всей очевидностью утверждать, какая конкретно сила будет сражаться на той и другой стороне. В принципе это общая закономерность любой гражданской войны, но в период гражданской войны в России она проявлялась особенно остро.
Отличительная черта той войны — довольно четкое географическое размежевание сторон. Большевики и созданная ими Красная Армия опирались главным образом на центральные, самые развитые в индустриальном отношении регионы. Наоборот, белое движение базировалось преимущественно на периферийные районы, в большинстве своем сельскохозяйственные. Это отражалось на потенциальных возможностях вооруженных сил сторон, их комплектовании, оснащении и способах стратегического применения в войне.

Свое дальнейшее развитие русская военная стратегия получила в войне с Францией (1798—1799), в которой Россия участвовала в составе второй антифранцузской коалиции. Русским войскам пришлось действовать на весьма удаленном от метрополии театре войны — в Северной Италии и Швейцарии. Это, безусловно, негативно отразилось на их действиях. Тем не менее, Россия с честью выполнила свои союзнические обязательства.
Российские вооруженные силы в последние годы XVIII в., когда царствовал Павел I (1796—1801), пережили целый ряд потрясений. Его правление разрушительным ураганом пронеслись над русской армией, немало переломав и испортив то, что ей досталось от Румянцева и Суворова. Сразу же после вступления на престол этот приверженец прусского вахтпарада перевел в гвардию на ключевые посты 132 преданных ему гатчинских офицеров. В армии возобладало «экзерциргаузное направление», в основе которого лежало положение, что солдат — это механизм, артикулом предусмотренный. Прежние принципы, ставившие превыше всего долг, честь, личный пример офицера, заменялись устрашением. В итоге русская армия почти во всех отношениях оказалась отброшенной на полвека назад. Преклонение перед реакционной прусской военной системой и ее слепое копирование имели пагубные последствия, прежде всего для боевой подготовки войск. Переучиваясь на прусский лад, армия теряла драгоценный опыт, который она приобрела в войнах второй половины XVIII в. Другими словами, армия оказалась целиком дезориентированной.
После Великой Французской революции (1789—1793) молодая Французская республика резко активизировала свою внешнюю политику, направленную как на расширение территориальных границ, так и на захват колоний, важных рынков сбыта. Республиканская армия, возглавляемая Наполеоном Бонапартом, стала самой передовой и боеспособной армией в Западной Европе. Она выгодно отличалась умелым применением новых для того времени способов ведения войны, рожденных в ходе буржуазной революции. В основе военной стратегии республики лежали решительные наступательные действия против полевой армии противника, а их доминантой являлся разгром неприятеля в генеральном сражении.
Основным автором этих новаций явился Наполеон Бонапарт. Французские войска в короткие сроки усвоили действия колоннами в сочетании с рассыпным строем, что, безусловно, давало в ходе сражения неоспоримые преимущества над противниками, продолжавшими исповедовать давно устаревшую линейную тактику. На поле боя французская армия отличалась подвижностью, а в походных маршах — быстротой. Наличие в окружении Наполеона молодых и способных военачальников позволяло ему успешно вводить в практику новшества военного искусства, причем одновременно на различных театрах военных действий. Все это дало возможность в первые годы революции защитить молодую республику в ходе оборонительных войн. Почувствовав, что военная мощь быстро возросла, окрыленная первыми победами Франция перенесла свои военные действия за пределы государства.