Важным шагом на пути совершенствования структуры стратегического руководства явилось создание фронтовых и армейских объединений. В соответствии с приказом наркомвоена от 31 мая 1918 г. был образован Чехословацкий, а 14 июня — Северо-Урало-Сибирский фронты. Одновременно все отдельные отряды, части и соединения сводятся в армии. Вскоре войска Чехословацкого и Северо-Урало-Сибирского фронтов были объединены и подчинены реввоенсовету Восточного фронта. Однако свой официальный статус он получил только 11 сентября 1918 г., когда Реввоенсовет Республики издал приказ об образовании Северного, Восточного и Южного фронтов. СНК РСФСР 5 декабря утвердил положения о командующем армиями фронта и командующем армией, входящей в состав фронта. Согласно этим положениям фронты и армии теперь возглавляли революционные военные советы, являвшиеся не только органами военного управления, но и политического руководства войсками. В соответствии с этими документами Полевой штаб РВСР разработал «Положение о полевом управлении войсками в военное время», утвержденное 26 декабря 1918 г. Реввоенсоветом Республики.
С образованием стратегических объединений руководство вооруженной борьбой стало осуществляться в звене Главком—фронт или отдельная армия. Свою эффективность и жизненность оно доказало на протяжении всей войны. В некоторых случаях на отдельном стратегическом направлении создавался и промежуточный орган стратегического руководства, например помощник Главкома по Сибири. Этот орган был учрежден 24 апреля 1920 г. Реввоенсоветом Республики, а 26 сентября было утверждено положение о нем. Назначение помощника Главкома по Сибири обусловливалось необходимостью приблизить руководство к войскам и партизанско-повстанческим формированиями в Сибири, повысить устойчивость и оперативность управления ими, координировать деятельность всех управлений, учреждений, заведений и войсковых частей Сибири. Помощник Главкома подчинялся непосредственно РВСР, а в оперативном отношении — Главнокомандующему всеми вооруженными силами Республики. Помощник Главкома по Сибири управлял войсками Восточно-Сибирского военного округа, 5-й отдельной армии и укрепленными районами в Сибири.
В ходе гражданской войны свое развитие получила и система органов руководства вооруженной борьбой в лагере противников Советской России. В основном она базировалась на опыте первой мировой войны, но видоизменялась с учетом особенностей гражданской войны.
Разработка проблем стратегии, направленной странами Антанты на достижение своих военно-политических целей, и руководство вооруженной борьбой против Советской республики осуществлялись различными органами. Наиболее важные вопросы, касающиеся военной интервенции в России, решались на конференциях глав правительств стран Антанты с участием министров иностранных дел. Так, 15 марта 1918 г. в Лондоне состоялась встреча премьер-министров и министров иностранных дел Великобритании, Франции и Италии, где было принято окончательное решение о вооруженной интервенции в Сибири и на Севере Советской России.
В системе стратегического руководства большое место занимала переписка между главами правительств, министрами иностранных дел, в том числе и с лидерами белого движения адмиралом Колчаком, генералами Деникиным, Врангелем и др., с целью координации усилий на различных театрах военных действий. Например, 16 марта 1918 г. министр иностранных дел Великобритании А. Бальфур сообщил правительству США решение конференции глав правительств Великобритании, Франции и Италии о возможности использования Японии для интервенции в Сибири.

Органы стратегического руководства вооруженными силами и характер их деятельности.
В процессе создания и развития органов стратегического руководства обе стороны использовали все самое ценное из прошлого опыта. В то же время созданная в годы гражданской войны система органов руководства вооруженной борьбой имела существенные отличия. Особенно это касается Советской России, где все проблемы военной политики и экономики, строительства Вооруженных Сил решались под непосредственным руководством ЦК РКП(б) и его Политбюро. Такой подход обусловлен тем, что партия большевиков являлась правящей политической партией, и потому ее центральные органы постоянно держали под своим неослабным контролем все стороны жизни страны. На пленумах ЦК РКП(б) и заседаниях его Политбюро иногда рассматривались и вопросы, связанные с подготовкой разгрома белых армий, в том числе адмирала Колчака (пленумы ЦК от 13 апреля и 4 мая, заседание Политбюро от 23 апреля 1919 г.), генерала Деникина (решения июльского и сентябрьского пленумов ЦК, Политбюро от 15 октября и 14 ноября 1919 г.) и др. В соответствии с принятыми решениями Главное командование Красной Армии и Полевой штаб Реввоенсовета Республики разрабатывали оперативные директивы, ставили задачи фронтам, армиям, флоту (флотилиям) для достижения тех целей, которые выдвигало политическое руководство.
Центральный Комитет партии большевиков принимал меры к обеспечению строго централизованного руководства военными действиями Красной Армии на многочисленных фронтах. Через ВЦИК, Совнарком, Совет обороны, а также через членов партии коммунистов в армии и на флоте ЦК РКП(б) направлял и контролировал деятельность Реввоенсовета Республики, Главного командования, Политического управления РВСР и других органов высшего военного командования. Члены ЦК РКП(б) входили в состав Реввоенсовета Республики, реввоенсоветов фронтов и армий, государственных органов, ведавших мобилизацией людских резервов и материальных ресурсов, выезжали на фронты и в тыл в качестве уполномоченных ЦК для выполнения важных военных заданий. Кроме того, Центральный Комитет непосредственно занимался переводом партийных кадров на военную работу и их распределением.
В период между съездами партии и пленумами конкретизация основных директив ЦК РКП(б) и разработка вытекающих из них указаний органам стратегического руководства по военным вопросам осуществлялись Политбюро. Решения, директивы, указания Политбюро формулировали, как правило, В. И. Ленин и Л. Д. Троцкий (Бронштейн) и уже от имени Политбюро они направляли их Реввоенсовету Республики и на фронты за своей подписью или подписью трех-четырех членов Политбюро.