Однако, уже в самом начале кампании внутри коалиции вскрылись политические противоречия, обнаружились принципиальные расхождения в подходе к важнейшим вопросам военной стратегии. Австрийский гофкригсрат (главный штаб) попытался навязать Суворову план методического вытеснения французских войск, основанный на принципах кордонной стратегии. Русский полководец решительно отказался им руководствоваться. Он и раньше, в 1797 г., оценивая ход военных действий в Европе, резко критиковал кордонную стратегию Австрии и Англии. В письме русскому послу в Вене А. К. Разумовскому от 27 февраля Суворов так оценивает обстановку: «Бонапарте концентрируется Гоф-Кригс-Рект его мудро охватывает от полюса до экватора. Славное делает раздробление, ослабевая массу».
Догмам кордонной и маневренной стратегии австрийских и английских генералов русский полководец противопоставил совершенно новую стратегическую концепцию. Главное в ней сводится к достижению подвижности масс войск, сосредоточению сил на избранном направлении, ведению решительного наступления. Суворов настаивал на том, чтобы добиваться разгрома главных сил противника в полевых сражениях, избирать формы борьбы без всякой предвзятости, но в соответствии с обстановкой. Он четко представлял себе политические и стратегические цели участников коалиции. Еще находясь в ссылке, предвидел развитие событий и сформулировал основные положения стратегии на случай войны с Францией: «1. Ничего, кроме наступления. 2. Быстрота в походах, стремительность, горячность в атаках. 3. Не нужно методизма — хороший глазомер. 4. Полная власть генерал-аншефу (командующему). 5. Неприятеля атаковать и бить в открытом поле. 6. Не терять время в осадах... брать главным образом крепости штурмом или открытой силой. При этом потери меньше. Никогда не разделять сил для охранения разных пунктов... Неприятель их обошел — тем лучше; он подходит для того, чтобы быть разбитым... Никогда не загружать себя бесплодными маневрами, контр-маршами или так называемыми военными хитростями, которые годятся только для бедных академиков... 8. Итак, нужен только обсервационный корпус на Страсбург, еще подвижный на Люксембург; его острие продвинуть с беспрерывными боями до самого Парижа как главного пункта».

Экспансия Франции была направлена на восток. Итальянский поход Наполеона завершился захватом Северной Италии. Затем, заняв Ионические острова и побережье Адриатического моря, Наполеон подготовил новый плацдарм для наступления против Австрии и Турции. Следующий его шаг — Египетский поход, который представлял угрозу не только Турции, но и владениям Англии. Впрочем, затрагивал он и интересы России, так как в перспективе вырисовывалась возможность появления Франции в Черном море.
Турция обратилась за помощью к России, Австрии и Англии. В 1798 г. между этими державами был подписан договор. В результате была создана вторая антифранцузская коалиция. В соответствии с договором Россия обязалась выставить 65-тысячную армию для совместных действий на сухопутном театре с Австрией, 2 эскадры для действий с Англией на Балтийском море, а также эскадру для объединенных действий с Турцией и Англией в Средиземном море. Австрия обязалась выставить около 225 тыс. человек. Англия ограничилась морскими силами.
Общего коалиционного плана войны с Францией у союзников, тем не менее, не было. Пока они сосредоточивали свои силы, войска Директории перешли в наступление и нанесли ряд поражений австрийским войскам, очистив от них Швейцарию и всю Северную Италию.
Военные действия развернулись и в Средиземном море. Русская эскадра под командованием Ушакова провела ряд блестящих морских десантных операций в районе Ионических островов, в том числе и на о-ве Корфу. Широкое использование морских десантов силами флота явилось значительным вкладом в развитие русского военного искусства.
Несмотря на успехи в бассейне Средиземного моря, военно-стратегическая обстановка для союзников к середине 1799 г. складывалась неблагополучно. Дело в том, что войска Французской республики стали угрожать непосредственно самой Австрии, в то время как 86-тысячная австрийская армия Меласа находилась в северо-восточной части Италии. Австрийское и английское правительства, убедившись в невозможности успешных действий против войск Франции, обратились к Павлу I с настоятельным требованием назначить во главе союзных войск непобедимого Су-орова. При этом имелось в виду использовать его полководческий гений, а заодно русскую армию и флот в своих интересах. 5 апреля 1799 г. Суворов вступил в командование. Начался знаменитый Итальянский поход.

Свое дальнейшее развитие русская военная стратегия получила в войне с Францией (1798—1799), в которой Россия участвовала в составе второй антифранцузской коалиции. Русским войскам пришлось действовать на весьма удаленном от метрополии театре войны — в Северной Италии и Швейцарии. Это, безусловно, негативно отразилось на их действиях. Тем не менее, Россия с честью выполнила свои союзнические обязательства.
Российские вооруженные силы в последние годы XVIII в., когда царствовал Павел I (1796—1801), пережили целый ряд потрясений. Его правление разрушительным ураганом пронеслись над русской армией, немало переломав и испортив то, что ей досталось от Румянцева и Суворова. Сразу же после вступления на престол этот приверженец прусского вахтпарада перевел в гвардию на ключевые посты 132 преданных ему гатчинских офицеров. В армии возобладало «экзерциргаузное направление», в основе которого лежало положение, что солдат — это механизм, артикулом предусмотренный. Прежние принципы, ставившие превыше всего долг, честь, личный пример офицера, заменялись устрашением. В итоге русская армия почти во всех отношениях оказалась отброшенной на полвека назад. Преклонение перед реакционной прусской военной системой и ее слепое копирование имели пагубные последствия, прежде всего для боевой подготовки войск. Переучиваясь на прусский лад, армия теряла драгоценный опыт, который она приобрела в войнах второй половины XVIII в. Другими словами, армия оказалась целиком дезориентированной.
После Великой Французской революции (1789—1793) молодая Французская республика резко активизировала свою внешнюю политику, направленную как на расширение территориальных границ, так и на захват колоний, важных рынков сбыта. Республиканская армия, возглавляемая Наполеоном Бонапартом, стала самой передовой и боеспособной армией в Западной Европе. Она выгодно отличалась умелым применением новых для того времени способов ведения войны, рожденных в ходе буржуазной революции. В основе военной стратегии республики лежали решительные наступательные действия против полевой армии противника, а их доминантой являлся разгром неприятеля в генеральном сражении.
Основным автором этих новаций явился Наполеон Бонапарт. Французские войска в короткие сроки усвоили действия колоннами в сочетании с рассыпным строем, что, безусловно, давало в ходе сражения неоспоримые преимущества над противниками, продолжавшими исповедовать давно устаревшую линейную тактику. На поле боя французская армия отличалась подвижностью, а в походных маршах — быстротой. Наличие в окружении Наполеона молодых и способных военачальников позволяло ему успешно вводить в практику новшества военного искусства, причем одновременно на различных театрах военных действий. Все это дало возможность в первые годы революции защитить молодую республику в ходе оборонительных войн. Почувствовав, что военная мощь быстро возросла, окрыленная первыми победами Франция перенесла свои военные действия за пределы государства.